Παρά την επιτακτικότητα της ανάγκης για παραγωγή ενέργειας με μικρότερο περιβαλλοντικό αποτύπωμα, η αδειοδότηση για εγκατάσταση ΑΠΕ σε προστατευόμενες περιοχές γεννά ερωτηματικά - ειδικά όταν υπάρχουν εκπτώσεις στην τήρηση της νομοθεσίας.